Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal majeur pour les entreprises investissant en R&D. Mais il peut faire l’objet d’un contrôle fiscal dans un délai de trois ans suivant la déclaration. Avec l’augmentation du nombre de bénéficiaires, les vérifications se multiplient. Pour éviter tout redressement, il est essentiel de bien comprendre les étapes du contrôle et de s’y préparer méthodiquement.
Les 4 étapes d’un contrôle fiscal
Étape 1 : Le contrôle fiscal
L’administration peut engager un contrôle fiscal (aussi appelé contrôle sur place), formalisé par une notification envoyée en recommandé. Ce contrôle est encadré par la loi et comprend généralement trois rendez-vous :
- Présentation du cadre légal par l’inspecteur lors du premier rendez-vous.
- Analyse des justificatifs fournis par l’entreprise lors du second rendez-vous.
- Débat contradictoire au cours du troisième rendez-vous, où l’inspecteur présente ses conclusions.
Ce type de contrôle est plus exigeant qu’un simple échange de courriers. Il est donc crucial de bien préparer les documents, de mobiliser les équipes concernées et d’expliquer clairement la place de la R&D dans l’activité de l’entreprise.
Étape 2 : L’intervention du MESR
Dans certains cas, l’administration fiscale peut solliciter une expertise scientifique du ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR). Le MESR évalue alors l’éligibilité technique et la réalité des projets de R&D déclarés, en se basant sur les critères du manuel de Frascati.
L’analyse du MESR peut fortement influencer la décision finale de l’administration. Il est donc essentiel de rédiger des dossiers techniques clairs, argumentés, et alignés avec les critères scientifiques attendus. Cependant, l’administration fiscale seule a le pouvoir de notifier des redressements mais, en pratique, elle suit généralement les conclusions des experts du MESRI.
Étape 3 : La proposition de rectification
Si l’administration remet en cause tout ou partie du CIR, elle adresse une proposition de rectification. L’entreprise peut alors engager un débat contradictoire, qui peut inclure :
- Des observations du contribuable,
- Des compléments techniques ou contre-expertises,
- Un recours hiérarchique ou une phase contentieuse.
L’objectif est de démontrer la bonne foi de l’entreprise et la conformité de ses travaux avec les critères d’éligibilité.
Étape 4 : Les recours possibles
Si le désaccord persiste, l’entreprise peut faire appel à :
- Un premier recours hiérarchique de l’administration,
- Un second recours hiérarchique dit « interlocution départementale »,
- Ou, en dernier recours, saisir le tribunal administratif.
Elle peut également solliciter la médiation des entreprises pour faciliter le dialogue.
Les bonnes pratiques pour se préparer à un contrôle fiscal
Pour bien se préparer à un contrôle fiscal du CIR, plusieurs bonnes pratiques sont à adopter.
- Anticiper : constituer un dossier justificatif complet dès la déclaration du CIR.
- Réagir rapidement : fournir les éléments demandés sans délai.
- Maîtriser les délais : envoyer les courriers en recommandé avec accusé de réception, conserver les preuves, et respecter les échéances.
En cas de remise en cause du CIR, il convient de structurer sa défense de manière rigoureuse. Cela passe par :
- un rappel de l’historique du contrôle et des échanges avec l’administration,
- un argumentaire subjectif, mettant en avant le processus de sélection des projets, les indicateurs de R&D (brevets, labels, partenariats, etc.) et l’ancienneté du recours au CIR,
- un argumentaire factuel, répondant point par point aux motifs de rejet, en s’appuyant sur les analyses du MESR ou de l’administration fiscale,
- et enfin, une référence explicite aux textes fiscaux, pour démontrer la conformité des travaux déclarés.
En cas de désaccord avec une expertise du MESR jugée injuste, il est possible de formuler une réponse critique, argumentée et respectueuse. En revanche, si certains projets sont difficilement défendables, il est préférable de concentrer ses efforts sur les points solides.
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